ดูหนังญี่ปุ่น ปีคือ ค.ศ. 2314 สองปีผ่านไปนับตั้งแต่ความพ่ายแพ้ของนักประดิษฐ์และการเปิดเผยของ A-Laws ที่ก่ออาชญากรรมต่อมนุษยชาติ A-Laws ถูกยกเลิกและโครงสร้างพื้นฐานของพวกเขารวมเข้ากับกองทัพสหพันธ์ Earth Sphere อย่างไรก็ตาม การที่โลกได้สัมผัสกับอนุภาค GN ส่งผลให้ผู้คนจำนวนมากตื่นตัวในฐานะผู้สร้างนวัตกรรมที่แท้จริง Celestial Being ได้กลับคืนสู่เงามืดเพื่อสร้างใหม่และเฝ้าดูความสงบสุขของทารกน้อยอย่างเงียบๆ อย่างไรก็ตาม ยานสำรวจที่ถูกทิ้งร้างจากการสำรวจดาวพฤหัสบดีเมื่อ 130 ปีก่อนเข้าใกล้โลก และนำวิกฤตครั้งใหม่มาพร้อมกับมัน ยานสำรวจที่คุกคามมวลมนุษยชาติ ในขณะที่เซเลสเชียลบีอิ้งเริ่มต้นภารกิจสุดท้ายในการกอบกู้มนุษยชาติจากภัยคุกคามที่คาดไม่ถึง Gundam Meister Setsuna F. Seiei กำลังจะค้นพบจุดประสงค์ที่แท้จริงของวิวัฒนาการของเขาในฐานะผู้สร้างนวัตกรรม